Будучи институализированной сферой человеческой деятельности, образование входит в систему исторически сложившихся фундаментальных социальных институтов как устойчивая форма организации общественных отношений, обеспечивающих жизнедеятельность человечества, стабильность и развитие общественной жизни, наследование и преемственность социального и духовного опыта поколений. Пережив кризис рубежа веков, российская университетская система по-прежнему нацелена в первую очередь на трансляцию знаний и подготовку кадров, а не на производство научных исследований. Эти системы включают множество социальных структур и представляют собой разветвленную сеть образовательных, просветительных и других учреждений, которые направлены на воспроизводство атрибутивных для образования общественных отношений, а каждый компонент этого сложного целого имеет свою онтологию. В условиях глобализации в соответствии с мировыми традициями на базе университетских центров происходит не только трансфер технологий, но и производство фундаментального знания. В то же время в российских условиях вузовская наука по объему производимых исследований существенно уступает академической. В данной работе показана необходимость взаимодействия исследовательских учреждений Академии наук и университетских центров для производства фундаментального знания, рассмотрена возможность такого взаимодействия с учетом региональной специфики.